Comme toutes les histoires dont on sent d'emblée qu'elles auront une fin optimiste et joviale, Colony Ship se déroule entièrement dans un vaisseau spatial. Pas un petit vaisseau tout pourrave, hein, mais un énorme bouzin d'une taille incalculable, lancé par une secte religieuse depuis la Terre pour aller coloniser une planète à perpète-les-étoilettes. Comme le voyage dure bien 400 ans, plusieurs générations de petits Elon Musk se succèdent, mais voilà : après quelques siècles d'enfermement, le feu sacré qui animait les premiers colons a laissé place à des braises à peine tièdes. Une mutinerie géante éclate dans le vaisseau ; tandis que la misère, la violence et le chaos se propagent partout, des factions émergent. C'est là que l'aventure démarre, lorsque notre personnage réduit à fouiller des montagnes de débris trouve un objet qui va attirer bien des convoitises. Mais la route jusqu'en haut de l'échelle sociale sera longue et semée d'embûches. Pour preuve, la première démo de Colony Ship, distribuée à la communauté proche du studio et aux trois journalistes dans le monde qui suivent le projet (en réalité, trois fois Canard PC avec des adresses e-mail différentes), était en réalité un prototype destiné à dévoiler le système de combat du jeu.